Dieses Kloster ist das erste der Hierarchie, der 20 Klöster auf Athos. Es liegt südwestlich von Athos. Gründer des Klosters war der heilige Athanasios der Athonit aus Trapezounta. Er hat das gemeinschaftliche Mönchtum gegründet und daher gilt das Kloster als Beginn des Mönchtums auf Athos (963 n.Ch.)

Athanasios wahr Lehrer in Konstantinopel, als er auf Athos ging und allein lebte um 957 n.Ch. Er war recht persönlicher Freund des Offiziers Nikiforos Fokas. Als Nikiforos Fokas Kaiser wurde, war dies ein kaiserliches Kloster und so bekam das Kloster sehr viele Spenden und bezahlte selbstverständlich kein Steuer. Das Megisti Lavra Kloster, hat auch andere Kloster gegründet wo man gemeinschaftlich leben kann. Dies aber führte zum Aufstand der eher traditionellen Erimiten (Mönche die allein auf dem Berge wohnen). Der Nachfolger von Fokas, Kaiser Ioannis Tsimiskis hat um 972 den brühmten „Tragos“ unterschrieben, welches das erste typische Regelartiges Dokument auf Athos war, wo das gemeinschaftliche und das herimitische Mönchtum auf Athos gemönehmigt wurde. Das Kloster war also das erst größte gemeinschaftliches Kloster mit ca. 80  Mönchen. Im 11. Jhd. waren es schon 700 Mönche.

Das große Gebiet des Klosters, welches durch einer dicken Mauer umgeben ist, beinhaltet die Kirche, den Brunnen, die „Mensa“, die Küchen, die Bäckerei, der Ölkeller, die Schatzkammern, ein Krankenhaus und die Bibliothek. Herum gibt es auch 2 große Kirchen. Die „Panagia Koukouzelissa“ ( vom Namen des Heiligen Ioannis Koukouzellis) und der heilige Michael Synnadon aus Frygia.

An den 4 Abteilungen umgeben sich auch die Zellen wo die Mönche schlafen und beten, die Herberge für die Besucher, die Kapellen u.a. Der Hafen des Klosters befindet sich in Mandrakis Häfchen. (Mandraki Limanaki)

Die Kirche des Klosters wird dem heiligen Athansios gewidmet und wurde 963 n.Chr. gebaut in einer neuen architektonischen Form, kreuzartig mit Kuppel, auf 4 Säulen gestützt. So bildet sich auch ein athonischer Baustil der fast in allen Kirchen der Balkanländern zu sehen ist, während der mittel- und der nachbyzantinischen Zeit.

Um 1535 wurde die Kirche vom berühmten Wandmaler Theofanis Strelitsas oder Bathas bemalt, er war auch Mönch dort und hat auch früher auf Meteora gearbeitet. Er ist ein Repräsentant des kretischen Baustils  und er benutzt öfters Vorbilder von Malern des 15. Jhd. und er beeinflusst diese Art im angemessen Maße der großen kirchlichen Wandmalerei. Außer der Kirche hat er auch mit seinen zwei Söhnen die „Mensa“ und den Ölkeller sowie die Küchen bemalt.

Sehr wichtiger Gebetsort ist der Grab des heiligen Athansios des Athoniten in der Kirche des Klosters und auch ein Ort, nördlich des Klosters, wo der heilige asketiert hat.